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助力多組學的研究與應用
時空組學技術Stereo-seq（SpaTial Enhanced REsolution Omics-sequencing），基于DNA納米球（DNA Nano Ball，DNB）開發，是具有高通量、超高分辨率、大視場的原位全景式技術，可以實現同一樣本在組織、細胞、亞細胞、分子“四尺度”同時進行空間轉錄組分析。該技術通過時空芯片捕獲組織中的mRNA，并通過時空條形碼（Coordinate ID，CID）還原回空間位置，實現組織中基因空間表達檢測，為深入地了解細胞的基因表達及形態與局部環境之間的關系建立強大的研究基礎。
時空組學技術視頻
Stereo-seq 芯片上布滿了數十億規則陣列排布的單鏈線球狀 DNA 納米球（DNA NanoBall, DNB）。DNB 是以單鏈環狀 DNA 為模板、經過滾環擴增（Rolling-Circle Replication, RCR）后得到的產物,每個 DNB 直徑為 220 nm，兩個 DNB 中心點間距范圍為500 nm。通過 DNBSEQ? 技術對固定在芯片上的 DNB 進行測序，得到 Coordinate ID (CID）信息，CID 和 DNB 坐標位置一一對應，可以通過建立 CID 與坐標位置的映射關系，還原后續捕獲到的 mRNA 的空間位置。對照關系保存在時空芯片 CID- 坐標位置對照文件中（Stereo-seq Chip Mask 文件）。DNB 經 Stereo-seq 生化方法合成攜帶 CID 的 DNB 后鏈接分子編碼（Molecular ID, MID）用于區分不同轉錄本）和 PolyT，從而實現游離 mRNA 的捕獲。標準 Stereo-seq 文庫的 CID 序列長度為 25 bp， MID 長度為 10 bp。
時空組學技術可從空間維度解析單個組織切片中的所有 mRNA，從而能夠在組織原位檢測細胞的基因表達及相互作用，獲取動、植物器官/組織的空間基因表達模式，進而揭秘生命奧秘，為臨床病理的精準診斷鋪平道路。目前，Stereo-seq 已被成功應用到動物胚胎發育、植物發育、腦科學、腫瘤等多個不同領域， 并成功發表包括 CNS 在內的60余篇文章。
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